Ngày 29-12-2017, công trình Bài viết về cải tiến chữ Quốc ngữ của ông đã được Cục Bản quyền tác giả cấp giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, đồng thời là chủ sở hữu.
 Ông Hiền cho biết ông đã thông qua một công ty luật, mất khoảng một tháng để làm thủ tục đăng ký bản quyền.

Nói về lý do đăng ký bản quyền công trình cải cách chữ Quốc ngữ, TS Hiền thẳng thắn: "Xuất phát từ thực tế, khi tôi công bố phần một công trình, có người dùng vào mục đích chính đáng, nhưng không ít người lại dùng vào mục đích xuyên tạc công trình của tôi. Họ dùng chữ của tôi để sáng tác thơ có nội dung chửi tôi, chửi chính quyền.
Nghĩa là họ đã dùng tác phẩm của người khác vào mục đích không tốt là bôi nhọ tôi và xuyên tạc chữ của tôi. Sau đó còn có một loạt những bài hát chế dùng chữ của tôi để xuyên tạc.
Đó là những việc làm xấu, không chỉ vi phạm bản quyền mà còn vi phạm nhân cách con người. Tôi thấy cần đăng ký bản quyền.
Nếu ai dùng công trình của tôi để áp dụng thử nghiệm, giúp tôi hoàn thiện công trình hơn, tôi hoan nghênh. Nếu ai dùng vào mục đích xấu, tôi sẽ kiện theo pháp luật. Tôi không cho phép dùng bộ chữ của tôi để làm việc xấu.
Mục đích không phải tôi giữ bản quyền, không cho ai dùng, mà để ngăn chặn những người lợi dụng bộ chữ của tôi để làm những việc xấu".
Đồng thời, PGS. TS Bùi Hiền cũng cho biết ông mới hoàn thành chuyển thể Truyện Kiều của đại văn hào Nguyễn Du sang công trình chữ viết mới.
Ông bắt đầu làm từ đầu năm 2018, trong khoảng 10 ngày đêm thì hoàn thành. Sau đó ông in tác phẩm này gửi cho một số người bạn đọc góp ý kiến.
"Tôi làm thử nghiệm chứ chưa phải hoàn thành để in sách. Tôi thực nghiệm cho chính bản thân tôi là đưa bộ chữ vào chuyển tải tác phẩm lớn như vậy xem có thông suốt hay không.
Truyện Kiều là tác phẩm ai cũng biết, ai cũng thích. Nếu tôi chọn tác phẩm không ai biết, không ai thích thì họ đọc chữ mới sẽ thấy vướng, phải suy nghĩ mà nội dung không biết thì họ sẽ chán không đọc nữa.
Tôi chuyển Truyện Kiều bằng chữ mới nếu ai thấy thích thì đọc, không thì thôi, bởi tôi làm với tính chất thử nghiệm.
Chuyển thể công trình đồ sộ như vậy giúp tôi kiểm nghiệm được tất cả bộ chữ của tôi. Tôi thấy không có chỗ nào trong Truyện Kiều mà bộ chữ của tôi không chuyển thể được. Như vậy là đạt rồi", ông Hiền nói nhận xét về tính ứng dụng của công trình nghiên cứu thông qua việc chuyển thể Truyện Kiều.